Te respondo las dudas, cualquier cosa me podes hablar al privado, no hay drama.
1) La entidad light_environment, en la solapa brightness te aparece el código del color 255 255 255 es blanco, pero el último es el brillo, ahí podes controlarlo, es decir, le pones el color que vos quieras, y en el último número le controlas el brillo, si le pones 100 es como un anochecer, 200 ya es de día.
Si no también, podes ponerle entidad light's por todo el mapa con un brillo bajo y que no esté tan pegado a la pared para que no se vea el efecto.
2) Para que el vidrio no te brille, tenes que ponerlo así:
Entidad func_wall:
Render Mode: Texture
FX Amount (Transparencia): 120 generalmente se usa para vidrios, mientras más bajo sea el número, más transparente va a hacer.
3) Podes crear la valla con la entidad func_illusionary y luego creas un sólido común del mismo tamaño con la textura CLIP (Sin necesidad de darle entidad, ya que dentro del CS, es invisible y al darle entidad a dicha textura, te tirará error) para que traspasen las balas y las bombas, pero no el personaje.